El escudo del club está inspirado en el chuncho, que se remonta a la creación del Club Náutico Universitario, entidad que aportó con su emblema al Club Universitario de Deportes, cuando este se fundó en 1927. El origen del chuncho se debe a Pablo Ramírez Rodríguez, dirigente de natación y Ministro de Hacienda en 1945, quien trajo desde Alemania el diseño del emblema.

 

Su primera aparición en la camiseta fue en un partido contra Unión Condell, el 15 de julio de 1928. Sin embargo, habitualmente la insignia no se ha utilizado en el uniforme del equipo, siendo reemplazada por una letra ”U” de color rojo (blanca en 1979 y azul en la camiseta de recambio de 2001 y 2002), aunque cabe destacar como excepción a esta regla, que la insignia fue utilizada en reemplazo de la ”U”, en la temporada de 1947. También fue incorporada al lado derecho del pecho junto con la ”U” en algunas temporadas de la década de 1980. Casos parecidos se dieron lugar en los años 1996, parte de 1997, 2006, 2007, 2008 y desde la segunda mitad de 2010, usándose la insignia en menor tamaño, pero sin eliminar la ”U” del pecho.

Evolución:
La primera insignia fue adoptada y utilizada en 1926 por el dirigente Horacio Ramírez como símbolo del Club Naútico Universitario, institución que en el escusón del chuncho llevó interpuestas rústicamente las iniciales ”CNU”. En 1930, ya fundado el Club Universitario de Deportes, se modificó el monograma del escusón por la iniciales ”CUD”. Y en 1941, el presidente del club deportivo, Benjamín Claro Velasco, formó una comisión para rediseñar el emblema, recayendo la tarea en el presidente de la filial de la ”U” en Temuco, Miguel González.